Phim Ma Trận Cuộc Chiến Cuối Cùng thuyết minh Cư dân thành phố Zion chuẩn bị cho cuộc bảo vệ thành phố khỏi làn sóng tấn công của các cỗ máy. Trong khi đó, Neo bị mắc kẹt ở khoảng giữa “thế giới thực” và ma trận. Còn đặc vụ Smith lại đang có một toan tính có thể tiêu diệt cả hai phe máy móc lẫn con người.
